La sede centrale dell'Agenzia è a Roma, in via Contarini 25, a poche centinaia di metri dalla Farnesina. Qui si trovano gli uffici della direzione e delle aree tecniche e amministrative.
La sede territoriale di Firenze, collocata nello storico immobile che per oltre settant'anni ha ospitato l'Istituto Agronomico per l'Oltremare, è sede dell'Ufficio VI, competente per lo sviluppo rurale e la sicurezza alimentare, e comprende un Centro didattico, un'aula magna di rappresentanza, una biblioteca, una fototeca, un centro di documentazione e un giardino tropicale.
• Roma - sede centrale
via Salvatore Contarini, 25
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